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9.12.2016

Gerichtete Wechselwirkungen wichtig für Proteindiffusion und -interaktion

Proteincluster (FZ-Jülich) Proteincluster (FZ-Jülich) Wenn Bereiche (gekennzeichnet durch kleine graue Punkte) auf der Oberfläche von Eiweißmolekülen stärker miteinander wechselwirken als die Umgebung, aggregieren diese Proteine schon bei solchen Konzentrationen vermehrt, die weit von einer dichten Packung entfernt sind. Im Bild sind solche stark vernetzten Aggregate durch unterschiedliche Farben hervorgehoben (rot/blau: viele/wenige Kontakte mit Nachbar-Molekülen). Diese Gelbildung schränkt die Diffusionsdynamik wesentlich ein, wodurch sich die Zeit verlängert, die die Proteine für gemeinsame Funktionen zur Verfügung haben. | © Universität Lund

Wenn Bereiche (gekennzeichnet durch kleine graue Punkte) auf der Oberfläche von Eiweißmolekülen stärker miteinander wechselwirken als die Umgebung, aggregieren diese Proteine schon bei solchen Konzentrationen vermehrt, die weit von einer dichten Packung entfernt sind. Im Bild sind solche stark vernetzten Aggregate durch unterschiedliche Farben hervorgehoben (rot/blau: viele/wenige Kontakte mit Nachbar-Molekülen). Diese Gelbildung schränkt die Diffusionsdynamik wesentlich ein, wodurch sich die Zeit verlängert, die die Proteine für gemeinsame Funktionen zur Verfügung haben. | © Universität Lund

Viele biologische Prozesse in Zellen funktionieren nur deshalb, weil es das Phänomen der Diffusion gibt. Es bewirkt, dass Teilchen sich alleine aufgrund ihrer thermischen Energie zufällig und ziellos bewegen können. Auf diese Weise gelangen zum Beispiel solche Eiweißmoleküle nah genug zueinander, die Stoffwechselprozesse nur gemeinsam ausführen können. Ein Team internationaler Forscher zeigte nun, dass schwache Anziehungskräfte zwischen den Proteinen die Diffusion enorm beeinflussen, wenn die Eiweißmoleküle so stark konzentriert sind wie unter natürlichen Bedingungen in der Zelle.

Der Einfluss von Wechselwirkungen ist bei solch hohen Proteinkonzentrationen nur schwer experimentell zu quantifizieren. Deshalb wurden bisher viele Messungen an verdünnten Lösungen durchgeführt. Neutronenstreuexperimente an unter anderem der Jülicher Außenstelle am Heinz Maier-Leibnitz Zentrum in Garching und Computersimulationen in Jülich ermöglichten nun die Untersuchung physiologischer Konzentrationen. Die Ergebnisse belegen einerseits die gute Eignung der Neutronenstreuung für solche Untersuchungen und andererseits, dass Computersimulationen die spezifischen molekularen Eigenschaften von Proteinen, wie ihre Oberflächenstruktur, stärker berücksichtigen müssen, um realistische Vorhersagen zu machen.

Text: Angela Wenzik / FZ Jülich

Originalpublikation:
Saskia Bucciarelli, Jin Suk Myung, Bela Farago, Shibananda Das, Gerard Vliegenthart, Olaf Holderer, Roland G. Winkler, Peter Schurtenberger, Gerhard Gompper, Anna Stradner; Dramatic influence of patchy attractions on short-time protein diffusion under crowded conditions;
Science Advances 2 e1601432 (2016); DOI: 10.1126/sciadv.1601432

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